配置方式：

自動設定代理：通常是透過軟體或瀏覽器自動識別並配置代理伺服器。使用者無需手動輸入代理伺服器的IP位址、連接埠號碼等詳細信息，只需啟動相關軟體或瀏覽器，它會自動根據預設的規則或設定檔來選擇合適的代理伺服器。

手動設定代理：使用者需要手動輸入代理伺服器的IP位址、連接埠號碼以及其他相關設定資訊。這種設定方式需要使用者俱備一定的技術知識和對網路設定有一定的了解。

靈活性和可控性：

自動設定代理：通常更具彈性和智慧。它可以根據使用者指定的規則和條件，動態地選擇合適的代理伺服器進行中轉。例如，可以根據URL、IP位址或其他參數進行匹配，從而自動選擇最佳的代理伺服器來處理每個請求。這種方式可以根據網路環境的變化自動調整代理設置，提高網路連線的穩定性和效率。

手動設定代理：雖然不夠靈活，但提供了更高的可控性。使用者可以根據自己的需求選擇合適的代理伺服器，並且可以針對特定的網路需求進行設定。例如，可以指定只針對某些網站或服務使用代理，或根據造訪時間、存取頻率等因素進行代理的切換。

安全性和隱私保護：

自動設定代理：由於依賴第三方軟體或瀏覽器的自動配置，可能會存在一定的安全風險。特別是當使用公共代理或不受信任的代理伺服器時，使用者的網路請求和資料可能會被竊取或篡改。因此，在使用自動設定代理時，需要選擇可信賴的代理服務供應商，並確保網路連線的安全性。

手動設定代理：相較之下，手動設定代理程式更為安全。使用者可自行選擇代理伺服器，並可透過設定身份驗證、加密傳輸等方式來保護自己的網路請求和資料。此外，手動設定代理還可以幫助使用者隱藏自己的真實IP位址，提高線上隱私保護能力。

使用難度：

自動設定代理：通常較為便捷，使用者無需手動配置代理設置，只需啟動相關軟體或瀏覽器即可。但對於不熟悉網路設定的用戶來說，可能需要一些時間來了解如何設定和使用自動代理。

手動設定代理：需要一定的技術知識和對網路設定有一定的了解。對於不熟悉網路設定的用戶來說，可能會覺得手動設定代理有一定的難度。然而，一旦掌握了相關知識和技能，手動設定代理將變得更加靈活和可控。

綜上所述，自動設定代理和手動設定代理在配置方式、靈活性和可控性、安全性和隱私保護以及使用難度等方面存在一定的差異。使用者可以根據自己的需求和實際情況選擇適合自己的代理設定方式。